在原本是平凡生活中的一天,整个世界发生了异变,床主市街上出现大量如同丧尸般的死体,而主角小室孝所就读藤美学园的也遭到死体的袭击。为了求生小室孝集结了包含青梅竹马在内的一批人,在这如同地狱般世界中,过去的各种价值观及法律已毫无意义,为了能在这现实的世界存活下去,人们的自私、黑暗、疯狂开始渐渐浮现,而主角一行人必须抛弃从前所谓的理想,面对残酷的现实,并在这崩坏的世界求得一线生机…
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。