為迎接機動戰士鋼彈SEED十周年的2012年，官方於2011年8月26日啟動「HD Remaster Project（高畫質再製企劃）」，畫面尺寸比將從原先的4：3升級為16：9寬螢幕，線性PCM音源化，部分音樂採用混音版，局部畫面的替換和修正，各特效與背景的處理變更，並整合特別版三部作以及「DESTINY」的賽璐珞片，再編輯為全48話，收錄至Blu-ray共四卷BOX販售。相較於過去其他鋼彈作品的Remaster僅是單純的高畫質化，本作有著更全面的提升。「機動戰士鋼彈SEED HD」於2011年12月23日起在BandaiChannel針對日本國內進行限定放送，TV方面則於2012年1月1日起在日本BS11播映。gundam.info同時提供附有簡體中文(已不再提供)、繁體中文、英文和韓文字幕影片的網路配信。愛奇藝將本作命名為「機動戰士高達SEED HD Remaster」於2011年12月23日11時起播出。
故事发生在名为“MERMAID”的人工岛上，处女守（井泽美香子 配音）被送往了这座小岛之上，却在刚刚登岛没多久就遭到了袭击，在生死攸关的紧要关头，一位名叫敷岛魅零（井口裕香 配音）的金发美少女登场，然而，敌人实在太过于强大，就算是魅零也渐渐感到力不从心，就在这节骨眼上，魅零竟然吻了守，让守不敢相信的是，自己竟然化身为了一柄长刀成为了魅零的武器，两人合作战胜了敌人。 原来，在岛上还生活着许许多多和守一样的人，个性大大咧咧的守财奴樱美凤（久保由利香 配音）、英俊潇洒的柊晶（芳野由奈 配音）、我行我素不受管制的莲实玲音（大西沙织 配音）等人，他们的共同目标只有一个，就是离开这座岛屿。
ホラーと戦う魔戒騎士の一人、銀牙騎士・絶狼である涼邑零は、強大な力を持った謎のホラーリングと交戦するも敗北してしまう。番犬所はそんな零に、女でありながら魔戒剣を振るうユナと、自らを天才と嘯く魔戒法師のカインと組むように指示する。気の進まない零であったが、ユナとリングの因縁、そしてリングの思想を知る内に彼らと共に戦う決意を固めてゆく。
在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
