大古是一个憧憬着电视节目《奥特曼》中的奥特曼形象,梦想是有朝一日能成为宇宙船船长的平凡少年。 现在还在逐渐成长中,目前只是横浜市观光课的一名普通公务员。 没错,本作的舞台是和之前的昭和·平成系列毫无联系, 平行存在于现实世界中的横浜。 幼年时憧憬着成为职业棒球选手的飞鸟,现在是横浜体育场的一名球童。 阿良也作为飞鸟的同事而不断支持着他。 把“开发出大古梦想所能够驾驶的飞船”作为理想目标的我梦, 目前和敦子一同作为横浜MaliTime博物馆的实习生而奋斗着。 就在同时,为追赶超越了时间和空间的格斯拉王,梦比优斯奥特曼出现在了横浜港。 他是唯一一个知道降临在我们世界的这一切的引导性角色。 「让7名勇者再次觉醒、并一同去打倒侵略者」 出现在梦比优斯面前说着这么番话的穿着红鞋的少女究竟是? 随着格斯拉王的出现、在山下码头也同样出现了庞敦王。 那是曾一度打败赛文奥特曼的强敌。 和在横浜体育场工作的飞鸟,在横浜MaliTime博物馆工作的我梦, 以及大古这3人相聚在一起谈论年幼时的梦想和将来的打算, 期待着未来和他们擦出的火花吧。 早田、团、乡、北斗这4人也同样只是普通的人类。 并且也分别和秋子、安奴、秋、夕子结了婚,拥有了各自幸福的家庭。 《迪迦奥特曼》第26话《彩虹的怪兽魔境》中登场的刚力怪兽希尔巴贡, 第36话《超越时空的微笑》中登场的超力怪兽哥尔德拉斯, 都以希尔巴贡王和哥尔德拉斯王的身份复活了。 两只都是与时间和空间有关的怪兽,出现在这个世界也合情合意。 在与未来的谈话中,大古更加确信了自己的目标。 但是当从未来口中得知「穿着红鞋的少女」时,大古曾一度淡忘的记忆再次苏醒。 还是孩子的他,当时也曾见过穿着红鞋的少女。 将怪兽召唤至这个世界的幕后元凶,地狱星人超级希伯利特星人出现了。 当他把梦比优斯变成青铜像后准备大肆破坏之时, 从未见过的奥特曼出现了, 他的名字是「迪迦」! 昭和宇宙人和平成奥特曼激突!
故事以TV版为基础,战斗所剩下的骑士只有六人:城户真司(龙骑)、秋山莲(夜骑)、北冈秀一(钢兵),浅仓威(王蛇),雾岛美穗(FEMME)和神秘的龙牙RYUGA。雾岛美穗成为 骑士的目的是要杀死浅仓为姊姊报仇,并令姊姊复活。而北冈正是帮浅仓脱去杀人罪的律师,他因内疚而多次帮助美穗,可惜美穗并不接受,令他意兴阑珊的退出 骑士之间的战斗。为了报仇的美穗不理真司的阻止,仍多次与浅仓战斗,却反而令自己陷入危机,当浅仓向美穗下毒手时,龙牙突然出现解救美穗,并以强大的力量将王蛇压倒 ,令美穗成功杀死浅仓。由於美穗以为是真司救了她,便相约他出来吃东西希望报答他,而真司和美穗的感情亦得以发展,可惜这个美好时刻却被邪恶的 龙牙破坏。镜世界中的真司(RYUGA)假冒真正的真司袭击美穗,美穗於是与龙牙战斗但不敌,虽然美穗被真司所救,但最後因伤重而死…。 另一方面取回小时候的记忆的优衣,知道神崎士郎发动战斗的目的是为了自己(详情请看TV版剧情简介的部份),於是她决定以自杀来阻止神崎士郎的疯狂行为 。另外真司亦知道自己是小时候间接害死优衣的人,令他感到非常内疚。此时镜世界中的真司出现,并欺骗真司说和他合体可拯救优衣,合体後的龇牙以最强Rider的身份向 放夜骑作出挑战。 得悉优衣已死的神崎士郎受不了打击,在痛哭嚎叫下消失了,镜世界中的成千上万蜻蜓怪因而失控,飞到现实世界袭击人类。战斗中的夜骑与龙牙终於发现优衣的屍体 ,在这个冲击下真司竟从龙牙的身体中分裂出来,并和龙牙作宿命决战。 最後真司和莲变身成SURVIVE形态,骑著契约兽飞向成千上万的蜻蜓怪,与它们作最後决战,走向未知的未来…。