机动战士高达SEED的系列作再开。这次除了我们大家熟悉的基拉（保志总一朗 配音）、阿斯兰（石田彰 配音）等人外，还有大量新角色的登场。而故事也将演变的更为复杂，冲突加剧，战争升级。 C.E.70年2月，“血染情人节”事件的辐射效应还在地球联合军和ZAFT中延续着。二者发动了数次对抗，伤及众多无辜百姓。C.E.71年6月，地球联合军居然不顾条约发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。这让少年真飞鸟（铃村健一 配音）在一瞬间失去了自己全部的亲人，而且都是在自己眼前。这件事对飞鸟的打击不小，让他这个无忧无虑的平凡少年，决定加入ZAFT。加入ZAFT，飞鸟遇到了许多挫折和坎坷，也看到了人性的残忍和无奈，最严峻的情况是自己内心始终笼罩着家人离去的阴影。飞鸟的成长在ZAFT正式开始。他和基拉、阿斯兰他们又会有怎样的交集呢？
夜晚，洛洛在家里玩电脑游戏，突然落雷击中大厦，洛洛被传送到一个陌生的世界里。醒来之后，洛洛发现自己竟呆在一个以他最喜欢的机战游戏作为背景的虚拟世界。过不多久，茫然的洛洛就遭到猛兽族黑铁兽的袭击，差点小命不保，幸好时光之城的大将霹雳火及时出现将他救下，才避过猛兽族的追杀。洛洛与霹雳火结识成为朋友了，命运滚轮的转动无法避免，机战世界开始书写新的章程。
堀江青（和气杏未 配音）表面看来是一位非常平凡而且害羞的女子高中生，实际上，她的父亲是大名鼎鼎的官能小说家，这让青感到非常的自卑，并且常常陷入困扰之中。青最大的愿望，就是能够摆脱父亲的存在，开始独自一人的生活，为此，她非常努力的用工念书，希望能够考上理想的大学。 让青没有想到的是，班上的风云人物，和自己八竿子都打不到一起的木岛（寺岛惇太 配音）竟然和自己告白了，虽然处于本能，青拒绝了木岛，但是实际上，她对木岛的存在非常的在意。恋爱还没有开始，青的脑海里就已经充满了桃红色的幻想，这样下去，她人生的第一次恋爱能够成功吗？
故事发生在一片虚构的大陆之中，曾经，五个迥然不同的种族和谐的生活在这片广袤的土地之上，然而，圣战爆发了，女神族、妖精族、巨人族和人族结盟，封印了代表着邪恶的魔神族。一晃眼多年过去，里昂尼丝王国的国王预言圣战即将再度发生，圣骑士们开始加紧训练，以备不时之需，哪知道，圣骑士发动了起义囚禁了国王掌控了国家大权，人民至此开始了水生火热之中的生活。 第三公主伊莉莎白（雨宫天 配音）挺身而出决心拯救国家，她想到了最强骑士团七大罪，于是踏上了寻找这七名恶人的旅途。一次偶然中，身陷险境的伊莉莎白遇见了名为梅利奥达斯（梶裕贵 配音）的金发少年，他不是别人，正是七大罪的团长。
