故事发生在炎帝、黄帝所在的蛮荒时代。正值群雄逐鹿中原之际,天下公认的领袖——神农帝去世,金、木、水、火、土各族群雄皆蠢蠢欲动。波涛暗涌的时代中,少年拓拔野横空出世,在机缘巧合下得到了神农帝临终传承,开始了一段惊心动魄的传奇历程。
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」,被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后,恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
从前有位“光之巨人”,他负责保卫世界和平,对抗巨型怪物和外星人入侵的威胁。他就是机动奥特曼。他曾在执行任务时与科学考察队员早田进建立起联系,并在使命完成后离开了地球。时至今日,人类已进入了繁荣时代,但这只不过是和平的假象...现在,世界再次需要“光之巨人”的力量。就在这时,一个新的英雄出现了,他继承了光的基因。但是他并不高大,是一名中等身材、多愁善感的高中生,穿着金属动力制服。他的名字叫早田进次郎,是初代机动奥特曼早田进的儿子。早田进次郎克服种种困难成为新一代机动奥特曼,一个新的故事就此展开。
魔戒骑士冴岛雷牙。雷牙作为接受指令的守护者每天进行恐怖狩猎。希望成为人的力量的茧利,在雷牙下每天培育花。两人过着平静的日常生活,某个满月之夜,两人面前出现了一个戴着白色面具的男子白孔。白孔之剑袭击雷牙。激突的剑将火花四溅!由于白孔的术而在黑暗中徘徊的茧利。雷牙追着茧利乘上了不可思议的列车。火车的汽笛撕裂黑夜。继承黄金骑士加罗称号的冴岛雷牙的新的、以及壮烈的考验开始了——。