从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」,被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后,恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
魔戒骑士冴岛雷牙。雷牙作为接受指令的守护者每天进行恐怖狩猎。希望成为人的力量的茧利,在雷牙下每天培育花。两人过着平静的日常生活,某个满月之夜,两人面前出现了一个戴着白色面具的男子白孔。白孔之剑袭击雷牙。激突的剑将火花四溅!由于白孔的术而在黑暗中徘徊的茧利。雷牙追着茧利乘上了不可思议的列车。火车的汽笛撕裂黑夜。继承黄金骑士加罗称号的冴岛雷牙的新的、以及壮烈的考验开始了——。
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。
ホラーと戦う魔戒騎士の一人、銀牙騎士・絶狼である涼邑零は、強大な力を持った謎のホラーリングと交戦するも敗北してしまう。番犬所はそんな零に、女でありながら魔戒剣を振るうユナと、自らを天才と嘯く魔戒法師のカインと組むように指示する。気の進まない零であったが、ユナとリングの因縁、そしてリングの思想を知る内に彼らと共に戦う決意を固めてゆく。