為迎接機動戰士鋼彈SEED十周年的2012年,官方於2011年8月26日啟動「HD Remaster Project(高畫質再製企劃)」,畫面尺寸比將從原先的4:3升級為16:9寬螢幕,線性PCM音源化,部分音樂採用混音版,局部畫面的替換和修正,各特效與背景的處理變更,並整合特別版三部作以及「DESTINY」的賽璐珞片,再編輯為全48話,收錄至Blu-ray共四卷BOX販售。相較於過去其他鋼彈作品的Remaster僅是單純的高畫質化,本作有著更全面的提升。「機動戰士鋼彈SEED HD」於2011年12月23日起在BandaiChannel針對日本國內進行限定放送,TV方面則於2012年1月1日起在日本BS11播映。gundam.info同時提供附有簡體中文(已不再提供)、繁體中文、英文和韓文字幕影片的網路配信。愛奇藝將本作命名為「機動戰士高達SEED HD Remaster」於2011年12月23日11時起播出。
东京街头,数具男性尸体被发现,这是一场由“喰种”引发的大骚乱。大学生金木研(花江夏树 配音)原以为这一切离自己很遥远,直到一个夜里,他被自己心爱的女生袭击,原来她竟是以人肉为食的喰种。生命垂危的金木通过器官移植手术,才得以侥幸存活。而移植到金木体内的器官,来源竟然是喰种。 痊愈后,金木发现自己的身体有了某种奇怪的变化,他的一只眼睛出现喰种反应,而且他再也无法进食正常人的食物。让他感到可怕的是,他开始觉得“人类”才是满足自己食欲的对象。曾经只是一个普通人类的金木,难道从此走上狩猎人类、吞食尸体的喰种之路?