十八世纪,让-马普蒂斯特•格雷诺耶(本•韦肖 Ben Whishaw 饰)出生在巴黎最肮脏、最恶臭不堪的地方——鱼市场上。格雷诺耶天生对气味有着惊人的天赋:无论恶臭还芳香,他都一一记住,并能轻易分辨各种气味。 当他在孤儿院长到13岁的时候,被院长卖给了制皮匠。格雷诺耶在制皮铺过着犬马不如的生活。机缘巧合,格雷诺耶在香水巴尔蒂尼面前展露了其过人的天赋,进入了香水铺工作。但格雷诺耶并不仅仅满足于制作出世界上最芳香的香水,他梦想学得如何保存万物气味的方法。巴尔蒂尼告诉格雷诺耶香水的起源地在格拉斯,那里的人知道保存气味的方法。格雷诺耶拿着巴尔蒂尼的推荐信来到了格拉斯。 格雷诺耶爱上了青春少女的体香,为了把这种香味保存下来,格雷诺耶最终走上了杀手的道路。
上一部结尾,尼奥(基奴李维斯 饰)终于意识到自己的能力和使命,中弹复活后,变成了无所不能的“救世主”,他和女友崔妮蒂(凯莉·安·摩丝 饰),舰长墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩 饰)回到了人类的基地锡安,受到人们的热烈欢迎。 此时,“母体”决定先下手为强,派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地;墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”,寻找“制钥者”,准备从内部破坏;而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题,脱离了“母体”的控制,拥有可怕的复制能力,阻碍尼奥他们的行动。