故事发生在一个幻想中的武侠世界，这个世界普通人可以通过不断习武修练内功，激发自身精神与身体上的潜能。故事主人公林辰，是一个出身平凡，追求习武巅峰的普通武者。他在遭遇不公对待后，愤怒之下触发自身精神上的潜能，进入了类似量子效应的“心觉”状态，却也因此目睹了家人在未来即将遭遇可怕的危险。因此，为了保护家人、爱人免遭致命侵害，以及调查父亲失踪谜案，林辰以一份神秘的名单为线索，追寻这一切背后的真相，并与邪派势力展开曲折艰险的斗争，谱写出一段可歌可泣的传奇故事。
正在读初三的月岛雯是一个喜欢看书的女孩，她每次都能在借书卡上看到一个叫天泽圣司名字，因此她对这个人充满了好奇。 雯一直喜欢写诗，有一天她跟好友夕子在讨论写诗的事，夕子告诉雯自己收到了情书，但事实上夕子已有了喜欢的人。更没有想到的是，夕子喜欢的杉村喜欢的是雯，雯一时间感到十分困惑。 雯无意中来到了一个小店，原来店主是圣司的爷爷。认识了圣司之后，听到了圣司对自己理想的追求之后，也激发了雯对自己理想的追求之念。当圣司离开了到意大利学习做小提琴时，雯决定要专心写作。当雯完成了作品之后，她发现原来自己高估了自己，就这样她选择继续考高中，这时她非常想念圣司。 一天凌晨，她站到窗边，突然看到了一个熟悉的身影……
每当黑暗污染这片大地时，一群正义勇敢的少年便会挺身而出，他们环绕在雅典娜的周围，与世间邪恶展开殊死搏斗。一代又一代，雅典娜的圣斗士们从未退却。当星矢、紫龙等圣斗士经历了无数的磨难与考验后，新一代的圣斗士也相继成长起来。他们分别是天马星座光牙（绿川光 配音）、幼狮星座苍摩（小西克幸 配音）、天鹰星座尤娜（雪野五月 配音）、天龙星座龙峰（柿原彻也 配音）、豺狼星座荣斗（柿原彻也 配音）等人。与此同时，蕴藏着黑暗小宇宙的邪恶战神玛尔斯（柴田秀胜 配音）率领斗士火星士向和平的大地逼近。圣斗士的内战再次掀起，而正义的战士们也面临着新的挑战…… 本片依据日本著名漫画家车田正美的经典原著改编。
“信号塔大战”后，熊大、熊二和光头强的缩小器再度遗失。三人组合继续留守不夜城，找寻缩小器的回家之路更是状况频出，但他们从未放弃希望，最终与小动物们合力拯救小镇，呈现了一场精彩惊险的微观世界冒险之旅。
