青虫怪利用监视蔬菜精灵的办法偷窥到了很多蔬菜精灵们的秘密,在得意之下他大肆宣扬,放了个大喇叭对着蔬菜园,循环播放自己观察到的秘密嘲笑蔬菜精灵们,蔬菜精灵们很生气,觉得自己的隐私被侵犯了,大家决定主动出击去找青虫怪算账。没过几天,蔬菜精灵们造出了一个空中播放器,他们要以欺人之道还治欺人之身,收集了青虫怪的癖好和隐私在空中播放,而且还会随着导航向其它的青虫居住地飞行,让青虫怪也尝尝隐私被人侵犯的滋味。青虫怪即恼怒又无可奈何,只好躲在贪吃府不出门,蔬菜园又可以维持一段时间的平静了
一天,工藤大器偶然听到了神秘声音的呼唤,与朋友们一起来到了数码世界,在那里认识了众多的数码兽同伴并且成为指挥官建立“Xros Heart”团队。意想不到的是,在数码世界中除了他们外竟然还有别的人类在数码世界中活跃着……然而,为了防止邪恶的巴古拉军企图称霸数码世界,他们将要努力地收集水晶(Code Crown)来保护各个领域(Zone),担负起拯救数码世界的命运。 被巴古拉兽击回到人类世界的工藤大器和高吼兽,经过东京大决战留在人类世界一天后,相对地数码世界已经过了好几个月的时间,并落入了巴古拉军支配下的地狱世界,分裂为七个国家(Land),由七名巴古拉军手下的死亡指挥官所统治,而这七名死亡指挥官就是本篇章的主要敌人。为了让数码世界再次得到和平,工藤大器和高吼兽决定再次回到危机四伏的数码世界中。此外,本篇章亦出现全新力量“超进化”。 与巴古拉兽的最终决战已经过去了一年,天野音音的弟弟-天野悠入读大器所读的中学,并与大器组成“Xros Heart”的篮球队,过着悠闲的生活,而队伍中还有一名尊敬著大器学长的成员-明石激。一天,明石激被卷入了“数码晶界”所发生的异变之中。