4000年前,出逃王宫的商朝王孙有莘不破救下太一宗弟子江离,两人结伴游荡荒原,入商队、遭异兽、遇天劫,属于少年的冒险正在展开。在他们的身后,王朝交替、山雨欲来,夏商之间爆发了一场有史以来最伟大的战争。命运的齿轮开始转动,那些天赋异禀的少年,早已身在局中。
一天,工藤大器偶然听到了神秘声音的呼唤,与朋友们一起来到了数码世界,在那里认识了众多的数码兽同伴并且成为指挥官建立“Xros Heart”团队。意想不到的是,在数码世界中除了他们外竟然还有别的人类在数码世界中活跃着……然而,为了防止邪恶的巴古拉军企图称霸数码世界,他们将要努力地收集水晶(Code Crown)来保护各个领域(Zone),担负起拯救数码世界的命运。 被巴古拉兽击回到人类世界的工藤大器和高吼兽,经过东京大决战留在人类世界一天后,相对地数码世界已经过了好几个月的时间,并落入了巴古拉军支配下的地狱世界,分裂为七个国家(Land),由七名巴古拉军手下的死亡指挥官所统治,而这七名死亡指挥官就是本篇章的主要敌人。为了让数码世界再次得到和平,工藤大器和高吼兽决定再次回到危机四伏的数码世界中。此外,本篇章亦出现全新力量“超进化”。 与巴古拉兽的最终决战已经过去了一年,天野音音的弟弟-天野悠入读大器所读的中学,并与大器组成“Xros Heart”的篮球队,过着悠闲的生活,而队伍中还有一名尊敬著大器学长的成员-明石激。一天,明石激被卷入了“数码晶界”所发生的异变之中。
故事发生在唐朝末年,时局动荡,无论朝中还是民间都人心惶惶。隶属于官府的神秘组织“不良人”全体失去了踪迹,同样下落不明的,还是价值连城的国库宝藏。传说中,一切的秘密都隐藏在龙泉剑上,得到了龙泉剑的人,便拥有了掌控天下的能力。 李星云自幼失去了父母沦为孤儿,被善良的隐士阳叔子收养,跟随着他练武学艺,一晃眼多年过去,李星云成长为了意气风发的少年,他和同门师妹陆林轩一起下山精进武艺,就此结识了姬如雪和张子凡。机缘巧合之下,李星云竟然得到了龙泉剑,这个消息不胫而走,引起了各大门派的警觉。他们派出杀手追踪李星云一行人,企图抢夺龙泉剑。