拥有着强大力量的创世神杖被四大神之一的埃及神拉（李璐 配音）盗走。为了令宇宙免于被毁灭的悲惨命运，希腊神宙斯（藤新 配音）派出了自己的女儿雅典娜（山新 配音）追踪神杖的下落。 小金刚（皇贞季 配音）是自幼生长在孤儿院里的平凡少年，常年凭借着机灵的脑瓜靠着坑蒙拐骗赚钱度日，只为了有朝一日身患重病的青梅竹马小青（C小调 配音）能够康复。一次偶然中，小金刚得到了藏有创世神杖下落的藏宝图，随后遭到了雷神托尔（李姝洁 饰）的伏击，在争抢之中，藏宝图被破坏，就这样，小金刚成为了唯一一个知道创世神杖在哪里的凡人。就这样，小金刚、雅典娜、托尔，再加上一个来自东方的脱线河神（郝祥海 饰），一行四人踏上了寻找创世神杖的旅途。
楠木凑成了乡下一座新建宅院的管理员。 原本是座有恶灵寄宿其中、非常「不干净」的院落大宅，然而身怀超强驱除邪祟力量的楠木却在不知不觉间将之消灭殆尽！ 彻底净化过后的楠木邸变得万分舒适宜居，诸多各有个性的神明纷纷为之而来！ 爱吃甜食的山神、还有毛茸茸的眷族、嗜酒的灵龟…… 待他察觉到的时候，宅院庭院竟已成了四季如春的神域！？ 甚至连现代阴阳师都会为了藉助楠木驱除邪祟的力量前来造访…… 与山神邻居们温馨的山林乐居生活，才正要拉开序幕。
转职为暗影君王后，程肖宇获得了操纵影子大军的能力。为了治愈生病的母亲，寻找制作“生命神水”的材料，程肖宇独自踏上攻略恶魔域的道路......
和他同乘一班列车的少女桂言叶（冈嶋妙 配音）让伊藤诚（平川大辅 配音）久久不能忘怀，两人看似遥远的距离被日复一日的电车生活慢慢拉近了。在青少年间有一个传说，如果把喜欢的人的照片设置成为手机背景并且3个星期不被人发现的话，就可以实现成为恋人的愿望，虽然诚并不相信，但为了抒发他对言叶的感情，他仍然照做了。诚的同桌西园寺世界（河原木志穗 配音）发现了诚的秘密，热心的她决定帮助诚达成他的愿望。但在这过程中，西园寺世界发现自己对诚的感情有了微妙的变化，看着满眼只关注着言叶的诚，西园寺世界的心情非常复杂。 诚终于向言叶坦白了自己的心情，两人相约在车站见面，然而满心欢喜来到车站的诚却发现，等待着自己的是西园寺世界。天生优柔寡断的诚无法妥善的处理这复杂的三人关系，一系列不负责任的错误选择把诚推向了无法挽回的悲剧之中。
大古是一个憧憬着电视节目《奥特曼》中的奥特曼形象，梦想是有朝一日能成为宇宙船船长的平凡少年。 现在还在逐渐成长中，目前只是横浜市观光课的一名普通公务员。 没错，本作的舞台是和之前的昭和·平成系列毫无联系， 平行存在于现实世界中的横浜。 幼年时憧憬着成为职业棒球选手的飞鸟，现在是横浜体育场的一名球童。 阿良也作为飞鸟的同事而不断支持着他。 把“开发出大古梦想所能够驾驶的飞船”作为理想目标的我梦， 目前和敦子一同作为横浜MaliTime博物馆的实习生而奋斗着。 就在同时，为追赶超越了时间和空间的格斯拉王，梦比优斯奥特曼出现在了横浜港。 他是唯一一个知道降临在我们世界的这一切的引导性角色。 「让７名勇者再次觉醒、并一同去打倒侵略者」 出现在梦比优斯面前说着这么番话的穿着红鞋的少女究竟是？ 随着格斯拉王的出现、在山下码头也同样出现了庞敦王。 那是曾一度打败赛文奥特曼的强敌。 和在横浜体育场工作的飞鸟，在横浜MaliTime博物馆工作的我梦， 以及大古这３人相聚在一起谈论年幼时的梦想和将来的打算， 期待着未来和他们擦出的火花吧。 早田、团、乡、北斗这４人也同样只是普通的人类。 并且也分别和秋子、安奴、秋、夕子结了婚，拥有了各自幸福的家庭。 《迪迦奥特曼》第２６话《彩虹的怪兽魔境》中登场的刚力怪兽希尔巴贡， 第３６话《超越时空的微笑》中登场的超力怪兽哥尔德拉斯， 都以希尔巴贡王和哥尔德拉斯王的身份复活了。 两只都是与时间和空间有关的怪兽，出现在这个世界也合情合意。 在与未来的谈话中，大古更加确信了自己的目标。 但是当从未来口中得知「穿着红鞋的少女」时，大古曾一度淡忘的记忆再次苏醒。 还是孩子的他，当时也曾见过穿着红鞋的少女。 将怪兽召唤至这个世界的幕后元凶，地狱星人超级希伯利特星人出现了。 当他把梦比优斯变成青铜像后准备大肆破坏之时， 从未见过的奥特曼出现了， 他的名字是「迪迦」！ 昭和宇宙人和平成奥特曼激突！
故事承接《鬼灭之刃 柱训练篇》。
