在不远的未来，地球迎来了一位神秘的天外来客——帕莫，它是宇宙智慧文明希尔人的运输飞船，携带着6400万年前消失的恐龙重归地球。希尔人在将恐龙带到地球的同时，也给人类带来了先进的基因技术，人类由此进入了一个全新的时代。 然而，邪恶组织却利用先进技术培育出了危险的变异恐龙，妄图统治人类世界，英勇的X26小队再次出战，通过激烈的战斗，最终将邪恶组织消灭。可是，变异后的恐龙却以超过人类想象的速度迅速进化。 百年之后，恐龙已经占据了地球绝大地方，人类生存空间仅限于地下。一位恐龙基因的合成人，在寻求自身命运的同时，发现了埋藏在历史中的真相。踏上了一条消灭变异恐龙、复兴人类文明的艰险之路。
风宫库洛自幼和父亲过着相依为命的生活，哪知道，有一天，这唯一的依靠也不告而别，只留下高筑的债台，需要库洛来偿还。为了还债，库洛来到了债主白龙院家，他将在那里担任男仆的职务，用劳动来抵债。白龙院家的少爷米斯是一个性格古怪充满了恶趣味的人，他给身为男性的库洛穿上了女仆的制服，以此为乐，并且不断的骚扰着库洛，令后者十分苦恼。 弗雷是米斯同父异母的弟弟，两人虽为兄弟，却亦是白龙院家主地位的竞争者。和飞扬跋扈的米斯不同，弗雷看上去安静而又温顺，可实际上，他内心里的算盘打得十分精明。弗雷和米斯同时爱上了库洛。
羽柴纯一（浅沼晋太郎 配音）是一个从小到大连女孩子的手都没有碰过的宅男，能够摆脱处男的标签成为了他十六岁这一年唯一的目标。一次偶然中，纯一得知，那些看上去很不好接近的辣妹能够帮助他实现愿望。于是，纯一找到了名为八女由加奈（长久友纪 配音）的金发辣妹，跪着恳求她同自己交往。 虽然知道纯一的心中打着怎样的算盘，善良的由加奈还是答应了他的告白，两人开始了交往。起初，由加奈只当纯一是一个单纯的傻瓜，可随着时间的推移，纯一渐渐展露的优点开始吸引她的注意。与此同时，纯一亦发现，由加奈虽然看上去十分泼辣，但观念上却意外的保守。
面前出现一个自称是恶役大小姐有趣的婚约者，这么有趣，观察观察她也是不错的乐趣呢~
21世纪，地球回复昔日的和平，但此时宇宙坠下一颗陨石，陨石有一个人工的时空囊。地球和平联盟TPC的GUTS小队通过时空囊了解到地球将有大灾难发生。而此时，时空囊预言的两大怪兽·“哥路渣”和“米路巴”先后出现，GUTS小队便根据预言寻找收藏在金字塔的三大巨人的身体。 几经寻找后GUTS队员们终于找到金字塔，但两大怪兽也到来了。虽GUTS拼死守护，但三个巨像已被破坏剩一个，队员·大伍的战机也被击中，且逃生装置失灵。在危急关头，大伍突然化成光，和最后一个的石像结合。光之巨人“迪加”因此而复活，并与两大怪兽展开了战斗……
在2018年圣迭戈漫控（SDCC）的《星球大战：克隆人战争》10周年座谈会上，导演戴夫·菲洛尼宣布，《星球大战：克隆人战争》将在迪士尼流媒体平台上再播十二集全新的故事——它们被称为“《克隆人战争》获救版”（Clone Wars Saved）。
