沧元界妖邪作乱,人族饱受摧残,主角孟川自小立下为母复仇的誓言,以镜湖道院为起点,凭借坚毅无畏的心志与利落果决的刀法身手,惩处奸恶,溃灭妖族,登顶四大道院,名满东宁府,拜上元初山,成就一代神魔。
自世界各地出现连接异次元与现实世界的通路「传送门」,已过了十多年。觉醒了特殊能力,被称为「猎人」的人们,与存在于传送门里地下城内的魔兽不断厮杀。猎人的能力在觉醒后就不再有成长空间,其等级也不会再有变化。然而,被称作是人类最弱兵器的程肖宇,在一次双重地下城的突击任务中得到了只有自己能够「升级」的能力,得以在战斗中不断变强。顺利通过转职任务,得到能操纵暗影士兵的职业「暗影君主」的肖宇,为了取得或许能医治母亲病情的道具「生命神水」的素材,而投身于新的战斗之中。
一天,工藤大器偶然听到了神秘声音的呼唤,与朋友们一起来到了数码世界,在那里认识了众多的数码兽同伴并且成为指挥官建立“Xros Heart”团队。意想不到的是,在数码世界中除了他们外竟然还有别的人类在数码世界中活跃着……然而,为了防止邪恶的巴古拉军企图称霸数码世界,他们将要努力地收集水晶(Code Crown)来保护各个领域(Zone),担负起拯救数码世界的命运。 被巴古拉兽击回到人类世界的工藤大器和高吼兽,经过东京大决战留在人类世界一天后,相对地数码世界已经过了好几个月的时间,并落入了巴古拉军支配下的地狱世界,分裂为七个国家(Land),由七名巴古拉军手下的死亡指挥官所统治,而这七名死亡指挥官就是本篇章的主要敌人。为了让数码世界再次得到和平,工藤大器和高吼兽决定再次回到危机四伏的数码世界中。此外,本篇章亦出现全新力量“超进化”。 与巴古拉兽的最终决战已经过去了一年,天野音音的弟弟-天野悠入读大器所读的中学,并与大器组成“Xros Heart”的篮球队,过着悠闲的生活,而队伍中还有一名尊敬著大器学长的成员-明石激。一天,明石激被卷入了“数码晶界”所发生的异变之中。