故事发生在一片虚构的大陆之中，曾经，五个迥然不同的种族和谐的生活在这片广袤的土地之上，然而，圣战爆发了，女神族、妖精族、巨人族和人族结盟，封印了代表着邪恶的魔神族。一晃眼多年过去，里昂尼丝王国的国王预言圣战即将再度发生，圣骑士们开始加紧训练，以备不时之需，哪知道，圣骑士发动了起义囚禁了国王掌控了国家大权，人民至此开始了水生火热之中的生活。 第三公主伊莉莎白（雨宫天 配音）挺身而出决心拯救国家，她想到了最强骑士团七大罪，于是踏上了寻找这七名恶人的旅途。一次偶然中，身陷险境的伊莉莎白遇见了名为梅利奥达斯（梶裕贵 配音）的金发少年，他不是别人，正是七大罪的团长。
一天，工藤大器偶然听到了神秘声音的呼唤，与朋友们一起来到了数码世界，在那里认识了众多的数码兽同伴并且成为指挥官建立“Xros Heart”团队。意想不到的是，在数码世界中除了他们外竟然还有别的人类在数码世界中活跃着……然而，为了防止邪恶的巴古拉军企图称霸数码世界，他们将要努力地收集水晶（Code Crown）来保护各个领域（Zone），担负起拯救数码世界的命运。 被巴古拉兽击回到人类世界的工藤大器和高吼兽，经过东京大决战留在人类世界一天后，相对地数码世界已经过了好几个月的时间，并落入了巴古拉军支配下的地狱世界，分裂为七个国家（Land），由七名巴古拉军手下的死亡指挥官所统治，而这七名死亡指挥官就是本篇章的主要敌人。为了让数码世界再次得到和平，工藤大器和高吼兽决定再次回到危机四伏的数码世界中。此外，本篇章亦出现全新力量“超进化”。 与巴古拉兽的最终决战已经过去了一年，天野音音的弟弟-天野悠入读大器所读的中学，并与大器组成“Xros Heart”的篮球队，过着悠闲的生活，而队伍中还有一名尊敬著大器学长的成员-明石激。一天，明石激被卷入了“数码晶界”所发生的异变之中。
人人都有不愿对他人露出的一面。 这是一个情报战的年代，全球各国都全力参与其中，表面上却不动声色。 东国和西国已陷入冷战长达十多年。“黄昏”是一名顶尖间谍，隶属西国专门对付东国的情报局 WISE。他奉命执行一项秘密任务：追踪东国国家统一党党魁唐纳文‧戴斯蒙德的一举一动。这名危险人物为东西两国间的和平构成重重威胁。 这场行动代号是“枭”。黄昏必须在一个星期内组织家庭，潜入戴斯蒙德儿子就读的名校，参加他们的日常社交聚会。他假扮成精神科医生洛伊德‧佛杰，迅速组成家庭，一切照计划进行，不料他的“女儿”安妮亚竟有读心术，“妻子”约儿更是个杀手！ 志同道合、互相隐瞒真实身份的三人就这么住在一块。 维持世界和平的重责大任落在这个临时家庭的手上。事情的发展，无可预期！
