上一部结尾,尼奥(基奴李维斯 饰)终于意识到自己的能力和使命,中弹复活后,变成了无所不能的“救世主”,他和女友崔妮蒂(凯莉·安·摩丝 饰),舰长墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩 饰)回到了人类的基地锡安,受到人们的热烈欢迎。 此时,“母体”决定先下手为强,派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地;墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”,寻找“制钥者”,准备从内部破坏;而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题,脱离了“母体”的控制,拥有可怕的复制能力,阻碍尼奥他们的行动。
“游牧者一号”是美国国防部开发的配备有超级粒子束武器的同步卫星,他具有高倍的望远镜,并可精确打击地面上任一目标。然而掌握卫星密码的两名技术人员却被疯狂的科学家查维斯·丹(Eric Bogosian 饰)和特种部队上校马库斯·潘(Everett McGill 饰)率领的恐怖团伙所虏获,“游牧者一号”也毫无悬念地被这群家伙所劫持。国防部虽然紧急应对,却无法与狡猾的恐怖分子抗衡,只能眼睁睁地看着华盛顿成为“游牧者一号”将要袭击的目标。 与此同时,前海军特种部队成员西斯·里贝克(史蒂文·西格 Steven Seagal 饰)正与侄女莎拉(Katherine Heigl 饰)搭乘这趟列车旅行。在危急时刻,西斯挺身而出,独自与恐怖分子展开正邪对抗……