在某个城市中存在着不为人知的被称为Amazon的吞噬人类的异形的存在。它们的数量,竟达到4000只。制造出这个怪物的元凶正是野座间制药公司!命令名下的野座间Peston Service驱除班秘密处理“Amazon”。 就是在这种情况下,在清洁干净的房屋中一步也不出去的平稳生活着的青年水泽悠和只靠野生的直觉和战斗力的像野兽一样的活着的男人鹰山仁相识,慢慢懂得了在“Amazons”的激烈的生存斗争中生存下去的故事。
从前有位“光之巨人”,他负责保卫世界和平,对抗巨型怪物和外星人入侵的威胁。他就是机动奥特曼。他曾在执行任务时与科学考察队员早田进建立起联系,并在使命完成后离开了地球。时至今日,人类已进入了繁荣时代,但这只不过是和平的假象...现在,世界再次需要“光之巨人”的力量。就在这时,一个新的英雄出现了,他继承了光的基因。但是他并不高大,是一名中等身材、多愁善感的高中生,穿着金属动力制服。他的名字叫早田进次郎,是初代机动奥特曼早田进的儿子。早田进次郎克服种种困难成为新一代机动奥特曼,一个新的故事就此展开。
因兴趣而开始做英雄的男人,埼玉。他通过3年的特训获得了无敌的力量,成为仅凭一击就能打倒任何敌人的英雄。他和偶然成为自己弟子的杰诺斯一起,开始在英雄协会正式展开英雄活动。在怪人发生率异常上升的同时,英雄协会想到大预言家皱巴巴婆婆留下的“地球完蛋了”的灾害的可能性,并准备开始研究对策。此时,对怪人感到憧憬的饿狼出现了。