在不远的未来，地球迎来了一位神秘的天外来客——帕莫，它是宇宙智慧文明希尔人的运输飞船，携带着6400万年前消失的恐龙重归地球。希尔人在将恐龙带到地球的同时，也给人类带来了先进的基因技术，人类由此进入了一个全新的时代。 然而，邪恶组织却利用先进技术培育出了危险的变异恐龙，妄图统治人类世界，英勇的X26小队再次出战，通过激烈的战斗，最终将邪恶组织消灭。可是，变异后的恐龙却以超过人类想象的速度迅速进化。 百年之后，恐龙已经占据了地球绝大地方，人类生存空间仅限于地下。一位恐龙基因的合成人，在寻求自身命运的同时，发现了埋藏在历史中的真相。踏上了一条消灭变异恐龙、复兴人类文明的艰险之路。
家住千叶县的17岁普通高中生高坂京介（中村悠一 配音）有一个14岁的妹妹高坂桐乃（竹达彩奈 配音），可是，很长一段时间以来，这个外表可爱的妹妹和自己的关系并不密切，有时甚至可以用冷淡来形容。妹妹的身上究竟发生了怎样的事情呢？终于有一天，一个关于桐乃的秘密被京介发现了。 可爱 的妹妹居然是宅系的兄控？！虽然桐乃百般否认，但事实不容狡辩。随后，原本只在妹妹身边出没的千金大小姐槙岛沙织（生天目仁美 配音）和毒舌少女五更琉璃（花泽香菜 配音）也渐渐的围绕到了京介的身边来，她们都和妹妹一样，是秋叶原系的御宅族。因为是兄控而觉得分外苦闷的桐乃，究竟会和妹控的哥哥京介发展出一段怎样妙趣横生的关系呢？
大古是一个憧憬着电视节目《奥特曼》中的奥特曼形象，梦想是有朝一日能成为宇宙船船长的平凡少年。 现在还在逐渐成长中，目前只是横浜市观光课的一名普通公务员。 没错，本作的舞台是和之前的昭和·平成系列毫无联系， 平行存在于现实世界中的横浜。 幼年时憧憬着成为职业棒球选手的飞鸟，现在是横浜体育场的一名球童。 阿良也作为飞鸟的同事而不断支持着他。 把“开发出大古梦想所能够驾驶的飞船”作为理想目标的我梦， 目前和敦子一同作为横浜MaliTime博物馆的实习生而奋斗着。 就在同时，为追赶超越了时间和空间的格斯拉王，梦比优斯奥特曼出现在了横浜港。 他是唯一一个知道降临在我们世界的这一切的引导性角色。 「让７名勇者再次觉醒、并一同去打倒侵略者」 出现在梦比优斯面前说着这么番话的穿着红鞋的少女究竟是？ 随着格斯拉王的出现、在山下码头也同样出现了庞敦王。 那是曾一度打败赛文奥特曼的强敌。 和在横浜体育场工作的飞鸟，在横浜MaliTime博物馆工作的我梦， 以及大古这３人相聚在一起谈论年幼时的梦想和将来的打算， 期待着未来和他们擦出的火花吧。 早田、团、乡、北斗这４人也同样只是普通的人类。 并且也分别和秋子、安奴、秋、夕子结了婚，拥有了各自幸福的家庭。 《迪迦奥特曼》第２６话《彩虹的怪兽魔境》中登场的刚力怪兽希尔巴贡， 第３６话《超越时空的微笑》中登场的超力怪兽哥尔德拉斯， 都以希尔巴贡王和哥尔德拉斯王的身份复活了。 两只都是与时间和空间有关的怪兽，出现在这个世界也合情合意。 在与未来的谈话中，大古更加确信了自己的目标。 但是当从未来口中得知「穿着红鞋的少女」时，大古曾一度淡忘的记忆再次苏醒。 还是孩子的他，当时也曾见过穿着红鞋的少女。 将怪兽召唤至这个世界的幕后元凶，地狱星人超级希伯利特星人出现了。 当他把梦比优斯变成青铜像后准备大肆破坏之时， 从未见过的奥特曼出现了， 他的名字是「迪迦」！ 昭和宇宙人和平成奥特曼激突！
每当黑暗污染这片大地时，一群正义勇敢的少年便会挺身而出，他们环绕在雅典娜的周围，与世间邪恶展开殊死搏斗。一代又一代，雅典娜的圣斗士们从未退却。当星矢、紫龙等圣斗士经历了无数的磨难与考验后，新一代的圣斗士也相继成长起来。他们分别是天马星座光牙（绿川光 配音）、幼狮星座苍摩（小西克幸 配音）、天鹰星座尤娜（雪野五月 配音）、天龙星座龙峰（柿原彻也 配音）、豺狼星座荣斗（柿原彻也 配音）等人。与此同时，蕴藏着黑暗小宇宙的邪恶战神玛尔斯（柴田秀胜 配音）率领斗士火星士向和平的大地逼近。圣斗士的内战再次掀起，而正义的战士们也面临着新的挑战…… 本片依据日本著名漫画家车田正美的经典原著改编。
