1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。 另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。 哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。 为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。
政裴（李善均 饰）是一名专职漫画人，虽然在画技上有着不可比拟的天赋，但是在情节编排上的想象力匮乏让他的漫画屡屡遭到编辑的否定。一次偶然中，政裴得知了一个让他心动不已的消息——出版社以1亿3千万元的巨额奖金公开向社会征集优秀的成人漫画，看着对自己的编剧能力心知肚明的他知道，自己需要一个得力的合作人。 与此同时，成人杂志专栏作家多琳（崔江熙 饰）却刚刚因为自己过于丰富的想象力而惨遭解雇，急于寻找一份新的工作的她也被1亿3千万元的奖金吸引了。就这样，政裴和多琳两人一拍即合，开始了他们的合作历程。为了得到奖金，两人可谓不择手段，甚至不惜入住了同一屋檐下，在打打闹闹的生活中，两个年轻人之间也产生了奇妙的感情。
改编自英国电影《爱丽丝的失踪》为了给弟弟的手术费筹钱，海兰与身为高利贷主的泰秀联合策划了一起绑架案，目标就是海兰同父异母的姐姐素珍。素珍之前并不知道自己还有个妹妹，当身份关系揭晓，绑匪和人质之间变得微妙起来……
