万津莫。自称是过着平淡无奇的日常生活的普通好青年， 但凭借能够自由操控梦境的清醒梦能力，每当入睡就会成为无敌的特工！ 在梦境中为拯救被囚禁的女主角·宁梦而大显身手。 然而，企图将"噩梦"变为现实的怪人·梦魇出现在了这样的梦境世界中！ 莫用梦中获得的腰带变身为假面骑士ZZZ！ Make your dream come true. Good luck！ 必须阻止企图侵略现实的梦魇的入侵！ 被托付世界命运的莫，作为假面骑士ZZZ的梦境任务正式开启！
大一新生周小安戴上一枚来历不明的古代戒指，旋即一个恐怖的魔人从他口中跃出，他的命运也因此而发生了改变。 一段人类历史上的惊天秘密在他眼前缓慢揭开——自称是商王帝辛的血魔人；以人心为食物的不死尸族；自称与尸族为敌却同样可疑的天虚宫道人；充满奇异怪物却可能隐藏着人类诞生起源之谜的神迹；身上有诡异图案的神秘不死少女江玄燕……
一天，工藤大器偶然听到了神秘声音的呼唤，与朋友们一起来到了数码世界，在那里认识了众多的数码兽同伴并且成为指挥官建立“Xros Heart”团队。意想不到的是，在数码世界中除了他们外竟然还有别的人类在数码世界中活跃着……然而，为了防止邪恶的巴古拉军企图称霸数码世界，他们将要努力地收集水晶（Code Crown）来保护各个领域（Zone），担负起拯救数码世界的命运。 被巴古拉兽击回到人类世界的工藤大器和高吼兽，经过东京大决战留在人类世界一天后，相对地数码世界已经过了好几个月的时间，并落入了巴古拉军支配下的地狱世界，分裂为七个国家（Land），由七名巴古拉军手下的死亡指挥官所统治，而这七名死亡指挥官就是本篇章的主要敌人。为了让数码世界再次得到和平，工藤大器和高吼兽决定再次回到危机四伏的数码世界中。此外，本篇章亦出现全新力量“超进化”。 与巴古拉兽的最终决战已经过去了一年，天野音音的弟弟-天野悠入读大器所读的中学，并与大器组成“Xros Heart”的篮球队，过着悠闲的生活，而队伍中还有一名尊敬著大器学长的成员-明石激。一天，明石激被卷入了“数码晶界”所发生的异变之中。
