连年亏损的民间马戏团被团长连人带物贱卖给奸商，其中宫兰兰和阿丽以及其他团员在新老板大金牙的忽悠下，一同登船开启了去泰国巡演的旅途。 行至东南亚热带雨林途中，突然遭遇了神秘巨蟒的袭击，他们搭救了一个名叫杰夫的神秘男子。可接连的巨蟒袭击造成船体沉没，杰夫提出带众人穿过雨林去找他的船，却不料这个男人的真实身份竟然是“偷猎者”。蒙在鼓里的马戏团等人就此踏上一条充满血腥的热带雨林之旅……
1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。 另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。 哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。 为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。
当一名在拉普兰荒野当中发现黄金的前士兵试图将战利品带入城市时，一名率领纳粹士兵的残忍党卫军军官则挡在了他的面前....
