故事发生在夏亚引领吉翁公国军赢得一年战争的平行宇宙。这一历史转折点导致地球联邦与吉翁公国的势力格局剧变。在空中宇宙殖民卫星生活的女高中生天手让叶,与难民少女尼娅安相遇后被卷入非法MS决斗竞技“军团战”,她驾驶着神秘最新型MS“GQuuuuuuX(吉夸克斯)”投身其中,而被通缉的神秘MS“高达”驾驶员修司伊藤也出现在她们面前。自此,少女与少年的相遇,梦想就此交织,宇宙世纪开启了新的未来......
在清洁公司工作的日比野卡夫卡,因与日本防卫队的希望之星一青梅竹马的亚白米娜重逢,重燃曾经放弃的防卫队梦想。然而,就在此时,他却意外变身为拥有强大力量的“怪兽8号”。在后辈市川莱诺的帮助下,卡夫卡一边隐藏真实身份,一边参加防卫队选拔考试。然而,在生活似乎步入正轨时,一场由高智商怪兽发起的防卫队基地袭击事件,彻底打破了平静。
昭和31年(1956年),静冈县印刷商望月次郎受临退休刑警田岛委托,印刷一份“刑事搜查资料”。资料中记载了一桩已过追诉时效的土木工人被杀案,案件牵涉“修善寺妓女”大塚花与天城隧道附近被目击的14岁少年。翻阅资料时,望月被封印的记忆逐渐复苏——那个“少年”正是31年前的自己,而大塚花则是他的初恋。当年,二人曾赤脚携手翻越天城山,共度数小时如梦似幻的恋情。花的笑靥、清丽歌声与掌心余温犹在,然而分别后花却因杀害工人被捕。警方审讯中,花在田岛刑警的逼供下认罪,但其供词充满矛盾,仿佛刻意包庇某人。31年后的今日,田岛刑警为何突然造访望月?又为何偏执地逼迫他直面往事?当事件“真相”最终揭晓,望月与花跨越半生宿命重逢。