为了找到亚特兰蒂斯的三叉戟并统治整个海洋,塞壬偷走了传奇之书。神奇女侠、女超人等再次齐聚,粉碎塞壬的计划。
动画剧情紧接《功夫熊猫3》电影,阿宝也作为师傅收下了四个徒弟。 来到生父所在的熊猫村定居后,阿宝收了4个天赋异禀的徒弟女孩(Nu Hai), 宝(Bao), 静(Jing)、饭桶(Fan Tong),他们分别化身青龙、灵龟、白虎和朱雀,对付新的反派金雕。 4个精力充沛的熊猫宝宝掉到一个山洞里,他们从传说中的“四星象”那里获得了气(chi),有了成为大侠的基础。当然这4个熊孩子需得到神龙大侠阿宝的指点才能成大器。 影片反派金雕是千年前的武侠宗师,他曾是青龙、灵龟、白虎和朱雀的师傅,但被黑暗气(chi)所诱惑堕入黑暗。“四星象”封印了自己和金雕,没想到千年后金雕跑出来找到秃鹰做肉身。如果金雕将“四星象”吸收,就会变成完全体,天下将毁于一旦。
2044年的纽约,大反派朗格勾结外星恶势力试图毁灭地球,大量外星人通过神秘传送门入侵,将城市化为灰烬。忍者神龟们虽负隅顽抗仍不敌敌人攻势,死伤惨重。怀抱着忍者最强武器——希望,忍者神龟们决定回到过去时空,找到开启传送门的钥匙,阻止朗格,恢复世界和平。莱昂纳多的弟子凯西肩负起这一使命,他在过去时空与女记者艾普奥尼尔成功接头,并和忍者神龟莱昂纳多、米开朗基罗、拉斐尔、多纳泰罗汇合,开启了拯救世界的行动。“我们的未来,我们自己做主”,忍者神龟们向朗格发起了终极挑战。