【电脑神童】的故事叙述有一位大学一年级学生 Dexter Riley ，他在一次拆开主机修学校电脑的时候却不慎触电，电流流入他的脑中，因此让他的脑意外成为一部电脑！从此他能快速思考难题，变成一位百问不倒的万事通，但是，学校电脑里的所有资料都存入他的脑海里了，包括每次考试的考题和标准答案，这一点让校方大为震惊，更不堪设想的，原本秘密存在电脑的一些丑闻资料也都被 Dexter 得知，包括一位奸商 A. J. Arno 的不法作为，因此各路人马都想让秘密永远还是秘密，所以就千方百计想要把 Dexter 这部活电脑用各种方法给「format」掉…
上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
